男性生殖器上长小疙瘩的原因可能有多种，具体如下：

1. 珍珠状阴茎丘疹：这是一种常见的良性病变，表现为环绕阴茎冠状沟的一行或多行小丘疹，颜色多为珍珠状白色，少数为淡红色或肤色。这种病变通常不痛不痒，不影响健康和身体功能，不需要特别治疗。

2. 毛囊炎：由于毛囊感染引起的炎症，常见于包皮过长、个人卫生差等情况。毛囊炎可能导致局部红肿、疼痛或瘙痒，需要保持局部清洁并使用消炎药物治疗。

3. 皮脂腺异位症：这是一种良性病变，表现为皮脂腺在正常位置以外的地方形成小囊肿，通常不痛不痒，挤压时可能有白色物质排出。

4. 尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）引起的性传播疾病，表现为生殖器部位的小疙瘩或疣状物，通常伴有瘙痒或疼痛。如果有不洁性行为史，应尽快就医检查和治疗。

5. 过敏反应：接触某些物质如避孕套、润滑剂等可能导致过敏反应，表现为局部红斑、丘疹、瘙痒等症状。

6. 湿疹或皮炎：湿疹或皮炎也可能导致生殖器部位出现小疙瘩，通常伴有瘙痒、红斑等症状。

7. 其他原因：如粉刺（痤疮）、生殖器疱疹、软疣等也可能导致生殖器部位出现小疙瘩。

总之，男性生殖器上长小疙瘩的原因多种多样，具体原因需要结合个人病史、症状以及相关检查来确定。如果出现不适症状或疙瘩持续存在，建议及时就医进行专业诊断和治疗。